Resecuenciación del genoma completo de los perros y lobos nativos iraníes para desentrañar el varioma durante la domesticación del perro

RESUMEN

Los avances en la tecnología del genoma han simplificado una nueva comprensión de los procesos genéticos e históricos cruciales para la rápida evolución fenotípica bajo domesticación. Para obtener una nueva perspectiva sobre la base genética del proceso de domesticación del perro, los autores llevaron a cabo un análisis de la secuencia del genoma completo de tres lobos y tres perros de Irán, que cubre una región situada en el suroeste de Asia, donde la domesticación independiente de la mayoría de plantas y animales ha sido documentada y se ha estudiado un alto intercambio de haplotipos entre lobos y razas de perros. Se encontró una mayor diversidad dentro del genoma del lobo en comparación con el del perro. Se detectó un número total de 12.45 millones de SNP (polimorfismos de un sólo nucleótido) en todos los individuos (se identificaron 10.45 y 7.82 millones de SNP para todos los lobos y perros estudiados, respectivamente) y se detectó un total de 3.49 millones de Indel pequeños en todos los individuos (se identificaron 3.11 y 2.24 millones de pequeños  Indeles para todos los lobos y perros estudiados, respectivamente). Se detectaron un total de 10,571 regiones de variación del número de copias (CNVR) en los 6 genomas individuales, que cubren 154.65 Mb, o 6.41%, del genoma de referencia (canFam3.1). Un análisis más detallado mostró que la distribución de variantes deletéreas en el genoma del perro es mayor que en el del lobo. Además, los resultados de la anotación genómica de intrones y regiones intergénicas mostraron que la proporción de variaciones en el genoma del lobo es mayor que en el del perro, mientras que la proporción de las secuencias codificantes y 3 ‘-UTR en el genoma del perro es mayor que en el del lobo. Los genes relacionados con los sistemas olfativo e inmunológico se enriquecieron en el conjunto de variantes estructurales (SV) identificadas en este trabajo. Estos resultados mostraron más mutaciones deletéreas y variantes de secuencia de codificación en el genoma del perro doméstico que en las del lobo. Al proporcionar el primer mapa de variedades de perros y lobos iraníes, estos hallazgos contribuyen a comprender la arquitectura genética de la domesticación del perro.

Los autores y otros datos del artículo:

Ghanatsaman, Z. A., G. D. Wang, H. A. Nanaei, M. A. Fozi, M. S. Peng, A. Esmailizadeh and Y. P. Zhang (2020). «Whole genome resequencing of the Iranian native dogs and wolves to unravel variome during dog domestication”. Bmc Genomics 21 (1). DOI: 10.1186/s12864-020-6619-8.

La revista Bmc Genomics tuvo un factor de impacto en el año 2019 de 3,594 (Web of Science, 2020).

Categoría de la revistaTotal de revistasClasificación de la revistaCuartil
Biotecnología y Microbiología Aplicada15643Q2
Genética17756Q2

REFERENCIAS

Web of Science (2020). Consultado el 8 de Septiembre de 2020. https://apps.webofknowledge.com/Search.do?product=WOS&SID=F5ETE2wkFYHrsJHF2uF&search_mode=GeneralSearch&prID=19226afb-6458-47a9-8747-4645a92636ee

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